上海基因芯片技术研究取得丰硕成果，目前已申请了核糖核酸循环逆转录反应方法、核糖核酸逆转录扩增标记探针制备法、基因芯片逆转录探针标记法等共９项国家专利。
据新近来自复旦大学的消息说，上海已建立了完备的基因芯片制备及应用体系，其核心包括高密度全长基因芯片制作和应用、寡核苷酸基因芯片制备以及修饰基片制备。
上海基因芯片技术研究始于１９９７年，是由复旦大学生命科学学院牵头，以复旦大学众多学者和相关高校为团队进行的一项长期的研究课题。近年来，研究人员首创了全长基因芯片，包含基因芯片和全长基因的开发、高效低成本全长基因标记技术和标记效率检测技术，还设计出根据基因功能、阳性对照系统进行基因芯片设计等的技术。
上海基因芯片技术的研究成果应用范围十分广泛。不但可以应用于疾病发病机理、功能基因组学等方面的基础研究，还可以用于遗传病检测、感染性疾病检测、肿瘤相关基因检测等多方面的疾病诊断。如复旦大学医学院承担的乙型肝炎病毒致病机理及免疫应答机制的研究中采用基因芯片技术，为在分子水平寻找乙肝治疗药物靶点打下了良好的基础。第二军医大学研制的严重创伤后失控性炎症反应的发生机制研究项目，采用基因芯片技术为寻找不同个体创伤反应异质性的分子遗传学发生机制，提供了良好的实验依据。根据科研进展，这项课题最终可实现对病人“个性化”的诊断和用药，即通过基因技术可以清楚地了解病人病情的具体情况，从而真正做到对症下药。
上海的基因芯片技术已经应用到瑞典卡罗琳大学肿瘤生物学中心、香港科技大学生物系、解放军第３０４医院等国内外２００多个科研单位，取得了显著的社会和经济效益，推进了我国大规模基因功能研究、药物筛选、诊断疾病以及基因工程技术的研究。