乙肝病毒（HBV）的持续感染是造成乙肝慢性化的根本原因，因而抗病毒治疗是治疗乙肝最重要的环节。目前国内批准上市的抗HBV治疗药物有标准干扰素α、聚乙二醇干扰素α、拉米夫定、阿德福韦酯、恩替卡韦和替比夫定，这些药物各有利弊，适应证、剂量、疗程以及不良反应各不相同，所以正确掌握乙肝抗病毒治疗的药物选择、治疗时机以及疗程格外重要。在具体的临床工作中，应注意以下几个方面的问题。
治疗前进行充分的医患沟通
慢性乙肝是一种传染性疾病，其根本病因就是HBV持续感染。循证医学证据表明，有效的抗病毒治疗可显著改善慢性乙肝患者预后，因而该病是可治的。
但由于HBV的复制根源在于肝细胞核内的共价闭合环状DNA（cccDNA），当前所有抗病毒药物均只能抑制HBV复制，不能完全清除cccDNA。所以慢性乙肝的治疗只能通过长期对病毒的抑制，最终达到耗竭cccDNA的目的，这就决定了绝大多患者均需要长期用药。
因此，必须使患者认识到抗病毒治疗是一项长期的“医疗工程”。
有适应证的患者应接受积极的抗病毒治疗
尽管近年对慢性乙肝进行抗病毒治疗已达成共识，但仍有相当数量的患者未能接受有效的抗病毒治疗，其中一个重要原因是部分患者尚未认识到抗病毒的作用。
因此，必须向患者强调HBV载量是影响慢乙肝患者预后的独立危险因素，也是传染性强弱的决定因素，如果仅采取“保肝”治疗，而不有效控制病毒复制，容易导致病情反复，这不仅增加了医疗费用，还可能耽误治疗时机，使肝硬化、肝癌等并发症的发生率也明显增高。
合理选择抗病毒药物
如果患者是首次接受抗病毒治疗，医师需要了解该患者的经济、身体、工作、生活、婚姻及生育等情况。尽管指南推荐干扰素和核苷类似物均可作为一线用药，但具体选用哪种药物应根据不同的患者而有所不同。
对于青少年、儿童和有特殊要求（如妊娠）的年轻女性，尽量首选干扰素；对于有明确乙肝家族背景（母婴传播）者，干扰素往往效果不佳；对于肝功能失代偿阶段（如重型肝炎、重度黄疸、肝硬化腹水）的患者，则只适合选择核苷类似物；在核苷类似物中，宜首选低耐药率、强效、速效的抗病毒药物。
对抗病毒治疗患者进行全程规范化管理
在患者用药期间和停药后，专科医师均应根据其疾病不同阶段的特点和并发症的发生情况以及抗病毒药物的副作用，对其进行定期复查和相应的生活指导。
在长期抗病毒治疗过程中，耐药是一个棘手的问题，应根据患者的具体情况采取预防耐药、预测耐药以及耐药发生后的挽救治疗等几种策略，以应对耐药的发生。
须指出的是，尽管抗HBV治疗研究已取得巨大进展，但仍处于可控可治的阶段，离彻底治愈慢性乙肝尚有较大距离。目前所有的抗病毒药物均很少能诱导产生HBsAg血清学转换，HBeAg血清学转换率也不高。
另外我们对乙型肝炎免疫耐受机制的了解仍非常有限，关于患者对HBV的特异性免疫反应状态，我们目前还缺乏系统、具体、能反映真实情况的评价指标。