目前治疗乙肝的药物很多，怎样才能判断某一种药物是否真正有效呢？要想解决这个问题，必须了解：
1.乙肝表面抗原阳性者中，有一部分人是急性乙肝病毒感染者，这一部分中的大多数人不治疗也能自愈，因此只有对乙肝表面抗原阳性持续时间超过半年者治疗有效的药物才能认为有效。但必须注意，慢性乙肝表面抗原阳性者中也有个别病人（约1％）可自然转阴，因此，对个别病人“有效”（使乙肝表面抗原转阴）的药物或疗法，不一定真正有效，只有使用某种药物治疗后乙肝表面抗原阴转率超过不治疗者（对照组），才能认为这种药物真正有效。
2.血液检测有时存在误差，特别是在试剂质量不好的情况下，更容易出现假阴性或假阳性。为了解决这个问题，一方面应尽量采用质量好的试剂，另一方面将病人治疗前后的血清用同一批试剂进行检测，结果可能会准确一些。
3.对患者e抗原转阴，即大三阳转为小三阳，要有正确评价。由于e抗原、e抗体的检测更易出现误差，而且当乙肝病毒发生变异时，e抗原也会转阴，因此如e抗原转阴，一定要结合其他指标判定意义：如果e抗原阴转的同时，HBV－DNA也同时阴转或明显减少，肝功能明显好转，是好事，说明病情好转；如果e抗原阴转，HBV－DNA并无减少或反而增加，肝功能也无好转，则很可能是病毒发生了变异，那就不一定是好事了。
要想判断治疗乙肝的药物是否真正有效，还必须注意以下几点：
1.治疗的病例除了一定是真正的慢性乙肝患者（HBsAg阳性一定要超过半年）外，观察的病例一定要多，最好在30例以上。
2.一定要有对照组，对照组病人的情况，如性别（女性的疗效较好）、年龄（老人的疗效较差）、转氨酶的高低（高者疗效较好）、是否合并肝硬化（合并者疗效较差）等，一定要与治疗组有可比性（基本一样）。
3.两组病人治疗前后的血清最好低温冷冻保存，停止治疗后，在一个实验室用同一批试剂，由同一个实验员检测，这样才有可能将误差减少到最低限度。
4.对疗效的分析要全面，不但要分析单个指标，如e抗原阴转率、HBV－DNA阴转率、表面抗原阴转率、e抗体阳转率、ALT复常率等，而且要对病人的症状、体征和各种检测指标进行综合分析，如e抗原的变化一定要和HBV－DNA的变化结合起来分析等。
5.两组病人的各种检测结果一定要有统计学分析，以判断其是否确有差异，即是否确有疗效。
6.不但要看近期疗效，还要看远期疗效。
7.要几个不同的单位都证明其有一定的疗效。
8.实验设计科学严谨，尽可能采用随机、双盲、多中心、阳性药物平行对照法。