目前HBV感染的治疗旨在抑制病毒复制，但不根除病毒。大多数患者需要长期治疗来维持病毒抑制。美国、欧洲和亚太肝脏协会指南建议对于患有危及生命肝脏疾病的患者，如急性肝衰竭、肝硬化失代偿期或慢性HBV感染严重恶化，应尽快开始治疗。阅读文献全文：Lancet 2014 Jun 18.
所有指南建议代偿性肝硬化患者应开始治疗，不论谷丙转氨酶浓度，但是开始治疗的HBV DNA浓度临界值各不相同。对于没有进展到肝硬化的患者，所有指导方针一致认为，HBV DNA浓度超过20000 IU/mL和丙氨酸转氨酶浓度持续增加或中度或重度炎症和纤维化组织学证据的患者，应开始治疗（图4）。
这些指南对2000-20000 IU/mL HBV DNA浓度和谷丙转氨酶浓度有一次或两次超过正常上限患者的建议有所不同。所有的指南建议，患者的年龄（对于那些40岁以上患者的低限）、HBeAg状态、肝癌家族史、职业要求（例如，从事易暴露操作的卫生保健提供者）、计划生育和喜好应该在做治疗决策时加以考虑。一些研究表明，正常谷丙转氨酶浓度的患者可出现严重肝纤维化，尤其是当谷丙转氨酶浓度处于正常范围的高值和HBV DNA含量较高（ p;gt;10000 IU/ ml），或他们超过40岁。
指南建议这些患者进行肝脏活检和中等至严重炎症或纤维化患者进行抗病毒治疗。为防止可导致肝炎和肝功能衰竭得HBV复制重新激活，指南还建议对将接受免疫抑制剂治疗的HBsAg阳性患者进行预防性抗病毒治疗。对于HBsAg阴性和抗-HBc阳性的患者，也建议患者进行预防性抗病毒治疗，指南建议这些患者考虑低耐药和数据安全的核苷（酸）类似物治疗，如替诺福韦，在怀孕期间减少母亲对婴儿传播的风险。然而，推荐抗病毒治疗和何时进行抗病毒治疗的HBV DNA浓度临界值尚没有一致意见。
第一线治疗的选择应根据药物的安全性和有效性、耐药性风险、成本和病人的偏好。干扰素的主要优点是治疗时间精确和更高的HBeAg和HbsAg消失率，特别是在HBeAg阳性、基因型A的患者。然而，注射干扰素与许多副作用有关系。核苷（酸）类似物是口服药，耐受性好，但多数患者需要终身治疗。指南推荐聚乙二醇干扰素、恩替卡韦或替诺福韦作为一线治疗。
所有的指南推荐HBeAg阳性和HBeAg阴性患者均应用聚乙二醇干扰素治疗48-52周。对于核苷（酸）类似物，指南建议当HbeAg阳性患者在HBeAg血清转换后已完成6-12个月的巩固治疗治疗时，可以停止。根据美国肝病研究协会和欧洲肝脏指南研究协会，当HBeAg阴性患者已经清除HbsAg，可以停止治疗。出于成本方面的考虑，亚太肝脏研究协会建议经两年治疗后检测不到HBV-DNA的患者可考虑停止治疗；然而，在2013年的研究中，45％符合这一标准的患者出现临床复发，另外13％的患者在停止治疗1年内出现病毒学复发。
所有的指南建议，在治疗前即是肝硬化的患者应终生应用核苷（酸）类似物。不考虑潜在肝脏疾病和所用治疗，患者需要在治疗停止时进行密切监测，这样与病毒学复发相关的谷丙转氨酶浓度重新开始增加的患者，可以及时再次启动治疗。
尽管疫苗接种和治疗在进步，HBV的全球负担仍然很高，因为在一些国家疫苗接种覆盖率低，许多感染者没有被确诊。旨在提高公众和卫生保健提供者警惕的教育项目，和旨在克服诊断、护理和治疗障碍的创新战略，应随着新疗法的发展齐头并进，达到HBV的持续控制。WHO重新关注病毒性肝炎，为不成比例HBV感染的低收入国家提供了希望。抗击艾滋病、结核病和疟疾全球基金支持的成功项目的经验，应该延伸到HBV感染。提高HBsAg消失率、达到病毒学治愈新治疗方法的发展，将极大地增加治疗应用方法，如抗CD20或造血干细胞移植前骨髓肃清，以防止HBsAg的再现。因为高HBV DNA浓度母亲所生的婴儿，尽管有被动 --主动免疫预防，仍存在巨大的感染风险。