慢性病毒性肝炎的治疗十分棘手，目前尚无特效药物。治疗原则常从五个方面考虑：
一、估计肝功能的损害程度给以保肝治疗；
二、分析病毒活动和复制的情况给予抗病毒治疗（检测乙肝病毒标志物，即俗称的“两对半“，检测乙肝病毒基因即HBV－DNA）
三、判断有无肝纤维化给予抗纤维化治疗；
四、分析病人全身的免疫状况，给予免疫调节治疗；
五、针对病人全身状况给予相应的治疗；
干扰素具有广谱的抗病毒活性（它对乙肝病毒DNA及丙肝病毒RNA的复制有一定抑制作用）、抗肿瘤活性及免疫调节作用。此外，近年来研究发现干扰素可通过其抗病毒活性、免疫调节作用及抗增殖作用并通过改善肝脏小叶间及门脉区炎症的作用，从而间接地对肝纤维化的生成。因此，长期应用干扰素不仅可以抑制病毒复制，降低传染性，还可以减轻肝脏的炎症反应，减轻病理损害，同时可以防止慢性病毒性肝炎向肝硬化的发展，减少肝癌的发生。
应用干扰素治疗慢性乙肝时疗效是有限的，一般应用300万单位，每周3次或隔日1次共3个月疗程，其HBeAg与HBV－DNA的阴转率，在治疗结束时约为25%-40%，而远期疗效约为20%-25%。国外学者主张加大剂量（500万单位至1000万单位），延长疗程至4－6月，疗效可能有所提高。在HBeAg阴转后，其抗体（抗-HBe）可呈阳性，称为e抗原抗体的血清转换，即通常所说的“大三阳“变为“小三阳“了。而乙肝表面抗原（俗称“澳抗－HBsAg）的阴转率更低，仅为10%-15%。此外，由于我国的乙肝常因母婴垂直传播使婴儿在围产期或新生儿时受染，因而自幼即已携带上HBV，这种病人对干扰素的疗效较差。对于慢性乙肝患者，通过干扰素治疗约有30％病人可获得长期持续的疗效，提高了生存质量和生存期，减少了肝硬化和肝癌的并发症。
国外学者认为，急性乙肝因无特效的治疗方法，HBV感染后约有10%转为慢性HBV无症状携带者；约有30%的患者在急性乙肝的过程中，由于干扰素系统活性低、不足以产生有效的内生干扰素，从而导致向慢性化发展，故主张可用干扰素治疗急性乙肝，安全有效，明显缩短了病程，提高了表面抗体的应答率，但目前还不能评价其防止慢性化发展的疗效。使用干扰素治疗慢性乙型肝炎，应注意适应症的选择，符合下例条件的病例，可取得较好疗效：(1)2倍正常值<ALT<10倍正常；(2)HBV－DNA(+)和HBeAg(+)；(3)病程小于5年；(4)不合并其他类型病毒性肝炎感染；(5)不合并HIV及其他免疫性疾病。
对于丙型肝炎，目前公认的首选有效治疗药物是干扰素，尤其对急性丙肝的疗效较好,及时应用可防止慢性化发展，而所有的慢性丙肝均应争取干扰素的及时应用。通常给予干扰素300万单位，每周3次，疗程至少3－6个月，最好延长至1年或更长。近期治疗结束时的完全应答率（即转按酶复常和HCV－RNA阴转）为40-50%，加大剂疗效提高有限，而延长疗程则有可能提高疗效，减少复发。
干扰素的副作用为“流感样症状“，经过一定的处理即可耐受，而且个体的反应差异很大，暂时白血球与血小板的减少均是可逆的，因而在干扰素的使用中，应注意监测血象（白细胞、血小板），尿常规，肝功能。