病毒性肝炎的急、慢性肝脏疾病是肝移植的主要指征之一。对于急性暴发性病毒性肝炎（甲、乙、丁、戊型肝炎）来说，肝移植术后很少发生移植肝脏病毒的再感染，因为该类病人体内的病毒水平通常很低。但对于慢性肝炎来说，移植的再感染则很常见，成为这一移植指征的主要限制因素。
对于是否应该在乙型肝炎病毒（HBV）感染引起的终未期肝病病人中进行肝移植还有争议。慢性乙型肝炎病人肝移植的结果令人失望。由于移植肝的再感染，3～5年生存率只有45％～50％。其原因可能与病毒的肝外复制，HBeAg阳性和血清中高水平HBV－DNA，以及暴发生乙型肝炎是预测乙型肝炎复发的较公认的预后因素。移植前HBV－DNA阳性的病人在移植后几乎都有肝炎的复发。所以，只有在病人血清HBV－DNA和HBeAg阴性时才考虑肝移植。HBV阳性病人肝移植后病程通常会加速，2～3年后常出现肝硬化甚至肝癌，并且移植后乙型肝炎的复发和肝功能衰竭发生更快。移植前给予大剂量的抗－HBs免疫球蛋白（HBIg）是一种预防感染复发的有效措施。最近研究显示使用拉米夫定可预防和治疗肝移植后HBV再感染。