1. 长期、规范
大家都知道乙肝病毒很难被彻底消灭。无论是干扰素还是核苷酸类似物都只能抑制乙肝病毒的复制，短期治疗（≤1年）停药后，患者的HBV DNA水平都会出现大幅度反弹，这就证明了乙肝治疗需要“长治”才能“久安”；在做到长期治疗的同时，规范用药也不容忽视。不遵从医嘱、擅自停药或换药很可能会造成病情恶化，最终造成疗效不佳，甚至耐药，导致疾病进展。因此，大家在治疗期间一定要做到长期用药、规范用药。
2. 费用
由于抗病毒治疗是一个长期过程，因此治疗的费用也是我们在选择药物时要考虑的重要因素。俗话说：“不买贵的，只选对的。”不一定贵药就是最好的药或最适合的药。目前国内批准上市的4种口服抗病毒药物拉米夫定、替比夫定、阿德福韦酯和恩替卡韦都可以有效抑制乙肝病毒复制，但价格上相差较大。这四个药物的月花费是：拉米夫定（贺普丁）430元左右，阿德福韦酯（贺维力）590元左右，替比夫定（素比伏）750元左右，恩替卡韦（博路定）1200元左右。我国慢性乙肝患者月收入在3000元以下的有70%以上，因此选择自己能承担的药物坚持长期治疗依然是乙肝患者首要考虑因素。乙肝治疗不能速战速决，如果在治疗初期选择价格昂贵的药物，而在治疗中期却由于经济负担过重而自行停药或换药，则会带来严重的后果——治疗失败从而使疾病进展。所以，慢性乙肝患者应该选择物美价廉的抗病毒药物，既保证疗效，又能在经济上负担得起长期抗病毒治疗。
3. 疗效
判断抗病毒治疗的疗效要看它是否能够减少肝硬化和肝癌的发生，目前的4种口服抗病毒药物在抑制乙肝病毒复制和e抗原转阴上的效果都不错，但只有拉米夫定有超过10年的延缓疾病进展、减少肝硬化使肝癌发生的临床数据。研究显示拉米夫定抗病毒治疗3年能够使肝硬化的发生率降低55%，肝癌的发生率降低51%；拉米夫定10年随访数据证实：75%的肝纤维化患者达到了组织学改善，其中18.8%患者的肝纤维化被完全逆转。可见，只有长期治疗疗效好的药物才能使患者最大程度的获益。患者在选择抗病毒药物时更需关注长期的治疗效果。
4. 副作用
因应用核苷（酸）类似物的乙型肝炎患者须接受长期治疗，甚至终身治疗。该类药物引起的不良反应亦受到广泛关注。动物实验中的致实体瘤的风险困扰着医生和患者。而应用核苷（酸）类似物引起的不良反应的文献报道如肌病、肾毒性、周围神经病、乳酸酸中毒等更是关注的焦点。这些由药物引起的副作用一旦出现却没有及时采取措施，很有可能危及生命。因此，高度重视口服抗病毒药物的安全性，定期检测CK等指标，对坚持长期治疗起着积极的作用。比较4种口服抗病毒药物，其中拉米夫定已上市十年，是用于治疗慢乙肝的口服抗病毒类药物中上市最早的药物，适用人群最广，安全性好。
5. 定期检测
临床试验数据表明，HBV DNA水平是预测疗效的重要指标。因此，乙肝患者在抗病毒治疗过程中要坚持定期监测，尤其是在半年（24周）这个关键时间节点。以拉米夫定为例，如果治疗半年时，HBVDNA转阴，说明疗效很好，可以继续单药治疗。一旦发现HBV DNA大于10 3拷贝/ml，加用无交叉耐药的药物（阿德福韦酯）联合治疗疗效更好。研究显示，132例拉米夫定耐药的患者加用阿德福韦治疗3年后， 87％患者HBV DNA转阴，32％的患者出现e抗原血清转换，而耐药率仅1.6％。另一项研究显示：拉米夫定耐药的患者改用每日2片恩替卡韦治疗，5年有近一半的患者还会发生耐药，因此，2010年中国指南指出：发现疗效不佳，应该加药而不是换药。
其次是药物副作用的监测。由于慢性乙肝的治疗是长期的，药物引起的副作用也越来越多的受到关注。定期监测很重要（如血CK值、肾功能等），发现问题及时处理。
乙肝患者其他的检测还包括：乙肝五项、肝功能、B超和肝穿（肝穿刺活组织）等，对判定疗效和疾病进展都很有帮助。