慢乙肝是不断发生变化的进展性疾病，随着抗病毒治疗的进展，病人的各项指标都会相应变化。因此，治疗方案也要“识时务”懂得“适时变通”，采用优化治疗方案才能发挥药物的最大效用，使病人获得最大治疗效益。上海长海医院的万漠彬教授说：现在我们的使用的核苷类似物其实都需要优化的，因为不是100%的患者疗效都好，那些疗效不好的人就需要优化。优化治疗包括优选患者，优化药物和优化疗效“三优”
优化之一：优选患者，看准时机再出手
好的开始是成功的一半，但盲目的开头只能带来苦果。并不是所有感染了乙肝病毒的人都需要进行抗病毒治疗，一些乙肝病毒携带者可能终生都不会发展成肝炎，这部分人不需要进行治疗；还有一些患者，虽然体内病毒水平很高，但乙肝病毒和人体内的免疫系统正处于的“互不干涉，和平共处”的时期，机体的免疫系统还没有向病毒发起攻击，此时乙肝病毒携带者只需定期做好监测，观察下乙肝病毒和肝功是不是出现“异动”即可。如果免疫系统和乙肝病毒没有出现“混战”，患者可稍安勿躁，静待时机。
只有当乙肝病毒复制活跃，ALT大于正常水平（e抗原阳性的ALT大于2倍正常值）以上时，乙肝病人才需要进行积极的抗病毒治疗。研究显示：对于HBV DNA 小于十的九次方肝功能（ALT 大于2倍正常值的患者）接受拉米夫定治疗5年效果满意，有88.2%的患者肝功能正常，76.4%的患者乙肝病毒小于十的四次方，e抗原有82.4%的患者实现血清转化，而且耐药率低。由此可知，乙肝抗病毒这些事“时机未到不要参与，该抗时绝不能手软”。
优化之二：优选药物，谨记三少原则
一旦抗病毒时机到来,决定抗病毒治疗后，乙肝患者需要和医生商量后决定治疗方案。目前所有的抗病毒药物只能抑制病毒复制，并不能彻底杀死病毒。因此，乙肝患者需要做好心理、身体和经济上的准备，预备打一场2-3年，甚至更长时间的持久战。万漠彬教授说：“我们讲治疗慢性乙型肝炎，医生选药是有个准则的，第一要选疗效好的药，能减少肝硬化和肝癌的发生；第二要选副作用小的药；第三要选费用少的药。就是要又有效，又安全，又经济，这样才能保证患者坚持长期治疗。”
优化之三：优化疗效 ，24周（半年）——乙肝治疗的“分水岭”
“选对药”只是乙肝治疗“万里长征”的第一步。随着抗病毒治疗的进行，病人体内的HBV DNA水平、ALT水平等都会发生变化，因此所有核苷（酸）类似物在治疗过程中都需要优化治疗方案，适时调整。
24周（半年）是乙肝口服抗病毒治疗过程中一个非常重要的关键时间点，此时的检测结果对最终疗效和耐药率有非常重要的预测价值。这个时候，患者要做到“一颗红心，两手准备”。比如，当拉米夫定治疗到24周时，HBV DNA水平呈阴性，则可坚持单药治疗。临床试验已经证实了：这些患者最终的疗效较好，远期耐药率也相对较低。但是如果此时的HBV DNA水平仍大于10的3次方，这时候就需要加用阿德福韦。因为阿德福韦跟拉米夫定是没有耐药交叉位点的，就是说这两个药分别抑制病毒的不同部位，因此联手抑制病毒复制的疗效更好，病毒出现耐药的几率更低。联合治疗相当于乙肝战场上“机关枪”联手“高射炮”，两者各司其职，一个负责近距离扫射，一个负责远程打击，使病毒没有机会喘息、反攻。
以前的乙肝防治指南曾推荐过拉米夫疗效不好或耐药时，可以换用恩替卡韦。随着更多临床研究结果的陆续发表，2009年美国最新的肝炎防治指南明确指出：对于拉米夫定或替比夫定耐药患者，由于恩替卡韦长期治疗的耐药风险仍然很高，因此不建议换用恩替卡韦，而是应该加用阿德福韦酯，推荐联合治疗。
替比夫定和拉米夫定它们是同类的药物，所以治疗方案调整的时间点和策略基本上一致。经过恩替卡韦治疗一段时间后，如果HBV DNA仍呈阳性，也需要调整用药方针，加药治疗。
上海第二军医大学附属长海医院感染科主任万谟彬教授强调，“对于普通的慢性乙型肝炎，甚至对于代偿性的肝硬化，都是可以采取优化治疗，能一个药解决我就不两个药，一个药解决不了的我才两个药，这个才是优化，又优化了疗效，又优化了不良反应，又优化了钞票，最终是使患者受益更多”。