乙肝大三阳是乙型肝炎病毒感染的一种状况，其特点是血清学检查中HBsAg、HBeAg和HBV-DNA同时阳性。肝区疼痛是乙肝大三阳患者常见的症状之一，其原因主要有以下几个方面。
1. 肝脏炎症：乙肝大三阳患者的肝脏受到乙型肝炎病毒的直接侵害，引发肝脏炎症反应。炎症可以导致肝脏组织的肿胀和充血，刺激周围的神经末梢，引起肝区疼痛。
2. 肝肿大：乙肝大三阳患者的肝脏受到病毒感染后，会出现肝脏肿大的情况。肝脏肿大可以导致肝包膜牵拉和拉伸，刺激周围的神经末梢，引起疼痛感。
3. 肝纤维化：乙肝大三阳患者长期受到乙型肝炎病毒的侵害，肝脏可能逐渐发展成为肝纤维化。肝纤维化时，肝脏的结缔组织增生，会对正常的肝脏组织压迫和刺激，造成疼痛感。
4. 肝细胞损伤：乙肝大三阳患者的肝脏可能发生肝细胞的损伤和破坏。损伤的肝细胞会释放一些炎症介质和化学物质，刺激周围的神经末梢，引发肝区疼痛。
5. 肝脏病变：除了乙型肝炎病毒的直接损害，乙肝大三阳患者的肝脏还可能出现其他的病变，例如肝损伤、脂肪肝等。这些病变也可能导致肝区疼痛的出现。
需要注意的是，乙肝大三阳患者的肝区疼痛并不一定总是与乙肝病毒感染直接相关。还有其他因素，例如胆道疾病、肝胆肿瘤等，也可能引起肝区疼痛。因此，对于肝区疼痛的患者，应及时就医并进行综合的评估和诊断。
总结起来，乙肝大三阳肝区疼痛的原因可能涉及肝脏炎症、肝肿大、肝纤维化、肝细胞损伤以及肝脏病变等。然而，具体的原因还需要进一步的医学检查和诊断才能得出准确的结论。