原发性肝癌的并发症可由肝癌本身或并存的肝硬化所引起。这些并发症往往也是导致或促进病人死亡的原因。
一、癌结节破裂出血
原发性肝癌自发性破裂发生率为8%～14.5％，肝癌可因肿瘤发展、坏死软化而自行破裂，也可因外力、腹内压增高(如剧烈咳嗽，用力排便等)或在体检后发生破裂。当肝癌破裂后，病人有剧烈腹痛、腹胀、出冷汗，严重时可发生休克。肝癌小破裂而致的小量内出血，往往可被大网膜粘着而自行止血，3～5天后症状即能自行缓解。
二、肝性脑病
占肝癌死亡原因的34.9%，通常为肝癌终未期的并发症，这是由于肝癌或同时合并的肝硬化导致肝实质的严重广泛破坏所致。损害肝脏有药物、出血、感染、电解质紊乱、大量利尿药的应用或放腹水等常为诱发肝性脑病因素。
三、消化道出血
占肝癌死亡原因的15.1％。大多数因肝硬化或癌栓导致静脉高压，引起食管胃底静脉曲张破裂而出血。病人常因出血性体克或诱发肝性脑病而死亡，此外晚期肝癌病人亦可因胃肠道粘膜糜烂、溃疡加上凝血功能障碍而引起广泛渗血等。
四、其他并发症
原发性肝癌因长期消耗，机体抵抗力减弱和长期卧床等而易并发各种感染，特别在化疗或放射治疗所致白细胞降低的情况下，更易出现肺炎、败血症、肠道感染、霉菌感染等。靠近膈面的肝癌可直接浸润，或通过淋巴路、血路转移引起血性胸水。也可因癌破裂或直接向腹腔浸润、播散而出现血性腹水。