肝穿刺既是一种检查方法，也是一种治疗手段。当临床遇有一些诊断不明的肝脏疾患时，应考虑做肝穿刺：如疑为肝炎而难以确诊者，或需进行病理检查协助分型者；长期低热病例，经全面检查已排除其他病患，而为肝病所致者；肝肿大和（或）脾肿大原因不明者，或需与肝结核、脂肪肝等疾患相鉴别者；病毒性与药物性所致肝损害情况不明者等等。另外，肝脓肿病人可通过肝穿刺抽出脓液，同时还可通过穿刺针注入药物治疗，从而使一部分病人免受手术之苦。
肝穿刺术后有的患者会有短暂肝区痛或肝穿部位疼痛，但一般反应轻微，不需处理，经过24 小时可自行缓解。目前有些医院已采用B超引导下的细针穿刺，优点是损伤小，定位准确，对肝内占位性病确定其性质尤为适用。有人认为肝穿刺会损伤“元气”，因而当医生提出要做肝穿刺时，往往精神很紧张，顾虑重重，术后也常感到这样或那样不适，当医生向病人作详细的解释之后，不适感会很快消失，这说明精神因素占很大比例。但是当病人如有出血倾向或其他禁忌症时，则应缓作或不作。