目前新生儿乙肝定量检测的最好方法是实时定量聚合酶链反应（real-time quantitative polymerase chain reaction, qPCR）。
乙肝病毒感染是一种严重的公共卫生问题，新生儿乙肝病毒感染率较高。因此，对新生儿进行乙肝定量检测非常重要，能够及早发现并采取相应的治疗措施，以降低乙肝感染的风险。
实时定量聚合酶链反应是一种高灵敏度和高特异性的分子生物学技术，能够对乙肝病毒的DNA进行定量检测。与传统的定性PCR方法相比，qPCR具有更高的灵敏度和准确性，能够检测到更低浓度的病毒DNA。此外，qPCR还具有快速、高通量和自动化等优点，适用于大规模的样本检测。
乙肝定量检测的qPCR方法主要分为两步：首先是病毒DNA的提取，可以采用商业化的提取试剂盒；其次是qPCR反应的设置，包括引物和探针的设计以及反应条件的优化。引物和探针的设计需要针对乙肝病毒的特定序列，既要保证灵敏度，又要确保鉴定的特异性。反应条件的优化包括温度、时间和荧光信号等参数的调整，以获得最佳的PCR效果。
通过qPCR检测，可以同时检测乙肝病毒的病毒载量和基因型，这对于指导临床治疗和预后评估非常有价值。乙肝病毒病毒载量的高低和基因型的不同与疾病的进展和预后密切相关。因此，利用qPCR进行新生儿乙肝病毒定量检测能够为临床医生提供重要的参考信息，指导治疗决策和预测预后。
总之，实时定量聚合酶链反应（qPCR）是目前新生儿乙肝定量检测的最好方法。其优势在于高灵敏度、高特异性、快速、高通量和自动化等方面，能够准确地检测乙肝病毒的病毒载量和基因型。通过qPCR检测，可以为临床医生提供重要的参考信息，有助于及早发现并采取治疗措施，降低乙肝感染的风险。